前文说过，自从朱元璋抗元成功，元朝的末代皇帝元顺帝妥欢帖睦尔既没有战死，也没有自杀，而是率领着王族和所剩的军队撤退到了自己祖先曾经兴起的故地——蒙古高原，虽然元朝灭亡了，但因为成吉思汗时代的疯狂扩张，疆土幅员辽阔，蒙古帝国依然还在。
但是，在1388年，一支10万人的明朝军队在大将蓝玉的率领下在合勒卡河和克鲁伦河之间、贝尔湖南岸大败元顺帝的孙子-当时的蒙古大汗脱古思帖木儿的军队，残元诸王、平章以下官员三千多人及军士七万余人被俘，脱木思帖木儿逃走后被其部将缢杀。
这次的失败使黄金家族——忽必烈家族的残元政权丧失了在蒙古人中至高无上的地位，以至于大多数蒙古部落宣布脱离它而自立。1399年，分布在叶尼塞河上游沿岸的乞儿吉斯部首领贵力赤，否认了最后一任残元皇帝额勒伯克的宗主权，于1399年将其打败并杀死，取得了统治各部的霸权。至此，苟延残喘了29年的残元政权灭亡了，合法的蒙古帝国大汗不复存在了，蒙古各部又回到了争夺蒙古帝国大汗宝座的纷争当中。
在明朝的二百七十多年的历史中，蒙古各部落一直进行着战争，各部落都想争夺蒙古大汗的宝座。只不过，到明朝末年的时候，蒙古帝国的疆土只剩下蒙古草原那么大的地方了，其余各地都被当地反元势力收回。
1604年，林丹继承暂时统领蒙古各部的察哈尔部的汗位，当时的后金已经统一，而且显示出了勃勃野心。林丹汗并不是一个昏庸无能的可汗，他早已看出后金帝国对于蒙古的野心，因此从继位始，便开始重新统一各部，自称“统领四十万众蒙古国巴图鲁青吉斯汗”但是，很可惜，林丹汗不是综合了蒙古人的彪悍和汉人的谋略的后金皇帝努尔哈赤和皇太极，这就注定只有勇猛而少计谋的他只能失败。在1628年的土默特的召城一战中，皇太极消耗了林丹汗精锐兵力四万余人，这使得林丹汗的实力大为削弱，
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